Der Dichter Victor Hugo, der 1834 eine Rettungs-Initiative für das Kloster startete, prophezeite dem Berg dereinst die Verlandung seiner Bucht. Am Ende würde die Insel nur noch aus einem Krautmeer ragen, aber nicht mehr aus dem Meer. Ganz hat sich die Prophezeiung nicht erfüllt. Trotz des Dammes, der zur Insel führt und die Gezeitenströmungen behindert, ist die Bucht noch nicht vollständig versandet, obwohl das Land schon sehr nah ist. Auch ist der Anteil der Deutschen an den 3,5 Millionen Touristen, die Mont-Saint-Michel jedes Jahr heimsuchen, nicht so hoch, dass sie mit dem Meer gemeint sein könnten. Trotzdem gibt es Pläne sowohl die Zufahrt zum Berg zu begrenzen und auch den Gezeiten wieder einen freieren Lauf zu ermöglichen.
Sagenhaft ist die Gründung des Klosters. Dem Bischof Aubert von Avranche erschien im Jahr 708 eines Nachts der Erzengel Michael und befahl, ihm eine Wallfahrtskapelle zu errichten. Der Bischof soll etwas schwer von Begriff gewesen sein, sodass der Erzengel ihm mit dem Finger ein Loch in den Schädel brannte. Tatsächlich weist der Schädel des Bischofs, welcher heute als Reliquie im Kloster aufbewahrt wird, ein Loch auf. Schließlich machte sich der Bischof an die mühevolle Aufgabe, auf dem Felsen eine erste Kirche zu errichten. Im Moment, als die Kirche fertig gestellt war, soll ein Sturm gekommen haben, der alles Land um den Berg überschwemmte, sodass die Insel heute noch rund einen Kilometer vor der Küste Frankreichs liegt.
933 eroberten die Normannen die Normandie und errichteten anstatt der ersten Kapelle eine Kirche im vor- romanischen Stil. 966 gründeten die Benediktiner auf der Insel ein Kloster, begannen aber erst 1017 mit dem Bau des Klosters. Die romanischen Klosterkirche war 1135 mit dem Bau des Vierungs- turms und der Einwölbung der Kirche mit einem Kreuzgratgewölbe abgeschlossen. Dabei hatten sich die Arbeiten als äußerst schwierig erwiesen. Mehrfach waren Wände auf dem anspruchsvollen Bauplatz eingestürzt. Im romanischen Bau blieb die Krypta aus der vorromanischen Kirche erhalten und wird auch heute noch als Kapelle Notre-Dame-sous-Terre genutzt. Die Kirche von 1135 ist eine dreischiffige Basilika und bildet heute Langschiff und Teile des Querschiffes der Kirche.
Mit den Benediktinern begann auch die Geschichte des Klosters als Wallfahrtsort, obwohl immer wieder Pilger bei der Überquerung des Meeres um kamen. Bevor der Damm gebaut wurde, war das Kloster nur bei Niedrigwasser oder Ebbe zu erreichen. 13 Meter beträgt der Unterschied zwischen Ebbe und Flut im Mittel an diesem Punkt der Küste.
Auch wurde das Kloster mehrfach sowohl von den Engländern als auch den Franzosen belagert, ohne freilich jemals eingenommen zu werden. Im 13. Jahrhundert gelang es jedoch dem französischen König Phillippe -Auguste, die Normandie einzunehmen. 1203 bis 1288 wird in diesem Jahrhundert auch der nördliche Teil der Klosteranlage im gotischen Stil erneuert und ergänzt. Es entstehen Refektorium, Rittersaal und Kreuzgang. Letztere verfügt über 220 zierliche Säulchen. Das gesamte Ensemble gotischer Bauten wird La Merveille genannt.
Im 100jährigen Krieg zwischen Frankreich und England (1337 bis 1453) werden die Wehranlagen des Klosters durch eine weitere Befestigungsanlage ergänzt. So kann auch eine zehnjährige Belagerung von 1424 bis 1434 überstanden werden.
Trotz eines allmählichen Niederganges bleibt Mont-Saint-Michel ein Pilgerort bis ins 15. Jahrhundert. 1520 wird sogar noch der Chor der Klosterkirche im Stil der französischen Spätgotik, dem Flamboyant, erneuert, womit die Bautätigkeit auf dem Inselberg weitestgehend abgeschlossen war.
Die französischen Religionskriege im 17. Jahrhundert überstand das Kloster trotz fortgesetzten Niederganges weitgehend unbeschadet. Erst mit der französischen Revolution kam das Aus für und die letzten – wenigen – verbliebenden Benediktiner mussten 1791 den Berg verlassen. 1810 wurde aus dem Kloster sogar ein Gefängnis, was es trotz der Initiative von Victor Hugo auch bis 1863 blieb. Trotzdem wurde im 19. Jahrhundert die Anlage restauriert und im selben Jahrhundert noch zum Nationalen Denkmal erklärt.
1966 kehrten schließlich auch die Benediktiner zurück und seit 1979 ist das Kloster Mont-Saint-Michel, welches gleichzeitig auch eine Stadt ist, auf der Weltkulturerbeliste der UNESCO.
Der besondere Reiz der gesamten Anlage ist – trotz der architektonisch bedeutenden Klosterbauten – sicher in aller erste Linie auf die Lage in der Bucht an der Mündung des Flusses Couesnon, sowie die geologischen Besonderheiten des Eilandes, zurückzuführen: die Insel ragt 160 aus dem Meer, ihr Umfang beträgt aber nur 820 Meter.
