Auffällig sind vor allem die mächtigen Grundmauer der beiden Westtürme und das merkwürdige “Querschiff”. Wie die Backsteinkirchen in so vielen Küstenstädten hat auch St. Marien zu Lübeck hohe Türme mit noch höheren Turmhelmen. Solche Türme waren immer auch gut und gedacht als wichtige Orientierungspunkte für die christliche Seefahrt.
Der Grundriss von St. Marien verrät sofort, dass in Lübeck die französiche Kathedralordnung ihre Spuren hinterlassen hat. Insbesondere die Verlängerung der Seitenschiffe zum Chorumgang ist typisch. St. Marien war – wie auch der Lübecker Dom – Vorbild für eine Reihe von Kirchen an der Ostseekirche. Im Grundriss unsichtbar, war sie Vorbild für alle Kirchen, so zum Beispiel St. Nikolai in Wismar, die trotz der spätgotischen Mode der Hallenkirche, als Basiliken errichtet wurden. Sichtbar im Grundriss ist die Anordnung der Chorumgangskapellen. Bei St. Marien und den Kirchen, die ihrem Beispiel folgten, sind die beiden ersten Kapellen direkt in die Flucht der Seitenschiffe orientiert. Beim Lübecker Dom, gleichfalls Vorbild einer ganzen Reihe von späteren Backsteinkirchen im Ostseeraum, sind die beiden ersten – oder westlichsten – Chorumgangskappellen aus der Flucht der Seitenschiffe hinausgedreht worden, um es einmal so zu sagen.
Zum Schema der gotischen Kathedralgotik gehört auch ein Querschiff. St. Marien in Lübeck hat kein Querschiff, auch wenn es von außen so aussehen möchte. Der Grundriss verrät, dass anstelle eines Querschiffes, welches eine räumliche Verbindung quer durch die Kirche haben müsste, im Norden und im Süden an das Langschiff zwei Vorhallen angebaut wurden.
