Der Grundriss ist so beeindruckend wie die Kirche. Deutlich lassen sich das romanische Langschiff und die spätgotische Chorhalle unterscheiden, wobei die Halle fast so ausgehnt ist wie das Schiff. Zu erkennen sind auch die fünf schlanken Pfeiler, auf denen das filigrane Netzgewölbe der Chorhalle ruht.

Das Langschiff der Franziskanerkirche ist mit einem Kreuzgewölbe versehen. In der Chorhalle sind rundum Nischen zu erkennen, in denen sich heute die Renaissance-Chorkapellen befinden.

Die Treppen im Grundriss und die Fortführung der Fassade nach Süden und Norden, zeigen, dass die Franziskanerkirche in einem größeren Klosterkomplex eingebunden und die Westfassade Teil einer Straßenflucht ist. Die Kirche steht also nicht allein, sondern ist in die umgebenden Bebauung einbezogen.